御书楼是体现中国古代书院讲、藏书、祭祀三大功能之一的藏书功能的主要场所，岳麓书院创建始即在讲堂后建有书楼，这一座三层楼阁建筑，居于中轴线的尾端，坐西面东雄视整个书院，开始叫书楼，宋真宗皇帝赐书后更名“御书阁”，后来屡建屡毁，地址搬迁了好几个地方，名称也改为藏经阁、尊经阁。至清康熙二十六年（1687），巡抚丁思孔从朝廷请得十三经、二十一史等书籍，建御书楼在现在这个地方。清代中期，岳麓书院御书楼已发展成为中国民间一座较大型的图书馆，藏书14130卷。
御书楼的藏书的主要来源有三：一是皇帝赐的，在历史上，皇帝数次赐书给书院；另外一个来源就是民间收集，以及地方官员、士子名绅以个人的名义捐赠的，最后一个来源就是书院自筹经费购买，或者自己刻书珍藏。可惜在1938年，御书楼及里面的所有藏书都被日本的飞机炸毁了，现存的建筑为1986年重建的。现在的御书楼藏书已超过5万册，不过它不对外开放，今天的御书楼仍然作为古籍图书馆供书院教研人员使用，藏书数量已逾五万册，大型工具书如《四库全书》、《续解四库全书》、《四部丛刊》、《四部备要》、《古今图书集成》等均有珍藏。
