三圣宝殿，供奉的是西方三圣。正中为西方极乐世界的教主阿弥陀佛像，阿弥陀佛是中国民间最信奉的佛之一，这座佛像庄严而慈祥，胸口有一个“卍”标志，这标志读“万”（màn），在佛教界用以标志吉祥万德。阿弥陀佛左手持“净台”，也就是我们平时说的“九品莲台”，标志着九品净土，他右手作接引状，能接引念佛人通往“西方净土”，所以阿弥陀佛又称接引佛，他根据你生前的修行情况，把你接引到九品净土里的不同等第的乐土；假如你生前坏事做尽，那你就别想进入九品净土，这就是我们平时说的“不入品”。在佛教看来，婆娑世界苦海无边，是烦恼的“此岸”；惟有虔诚修行，才能祛除烦恼，进入西方极乐世界的“彼岸”。阿弥陀佛有48个愿望，都是阿弥陀佛普济众生的愿望。只要我们诚心诚意的修行，即可接引我们共同到达西方净土。除了阿弥陀佛名号外，他还有“无量寿佛”、 “欢喜光佛”、“智慧光佛”、“不断光佛”等十三个名号。
观世音菩萨是阿弥陀佛的左协侍，也是佛的第一接班人，又称观音菩萨。大势至菩萨是阿弥陀佛的右协侍，大势至菩萨的智慧之光能普照一切众生，使一切妖魔鬼怪在无上力之前畏缩退却，也使一切众生解脱血火刀兵之灾。
东林寺善财殿供奉两尊善财菩萨像，这在全国佛寺中是没有的。所以有人说东林寺系善财道场，我认为这也名副其实。
祖师殿的布局常见于禅宗佛寺，后来别的宗派佛寺也仿效其制。东林寺在元代系禅宗，今为净土宗，一寺两宗派。殿的正中供奉净土宗祖慧远大师。慧远二十一岁皈依佛门，师从道安大师。东晋太元六年（公元381年）入庐山，为东林寺首任主持。慧远在庐山三十六年，这是他一生中积极从事佛教活动，形成佛教理论的最重要时期，创立富有中国化的佛学思想。慧远的庐山率众共结莲社，介导弥陀净土法门，被尊为南方佛教领袖。他精通般苦性空之学，重要的著作有《法性论》、《沙门不敬王者论》、《三报论》、《明报应论》等等。
