丽江市东巴文化研究院的前身是1981年成立的云南省社会科学院东巴文化研究室，1991年改为东巴文化研究所，2004年6月更名为丽江市东巴文化研究院。
20多年来，东巴文化研究院在东巴典籍的抢救、整理和传承方面取得了喜人的成果，已经整理、翻译东巴经1300多册。经过分类，剔除重本，汇编成原文、记音、对译、意译"四对照"的百卷《纳西东巴古籍译注全集》，作为国家"九五"重点图书，已经陆续于1999年至2000年正式出版，并荣获第五届国家图书奖。1993年，编辑出版《东巴文化艺术》画册，获第七届中国图书奖。2003年，由东巴文化研究所编纂完成和出版了《中国少数民族古籍总目提要?纳西族分卷》。2003年，编撰出版了《中国西南文献丛书?纳西族分卷》。 经过2000年至2003年三年的艰苦努力，由研究院收藏管理的897种东巴古籍文献，被联合国教科文组织世界记忆工程咨询委员会批准列入《世界记忆遗产名录》。
